El reinado de los mongoles
En 1258, el último califa abasí de Bagdad cayó en manos de los mongoles, que en ese mismo siglo habían irrumpido en el imperio islámico. En el mismo periodo hubo también campañas de los cruzados, que desde 1099 permanecían en Jerusalén y habían conseguido imponerse militarmente a los musulmanes. Su vencedor definitivo fue Saladino I (1137-1193). Originario de la dinastía kurda de los ayyubíes, Saladino se convirtió en sultán de Gran Siria y Egipto y expulsó a los cruzados de Tierra Santa. Los mongoles, por el contrario, no fueron derrotados, aunque sí islamizados. Poco antes, casi habían conseguido terminar con el poder del islam, contando con el apoyo de los países cristianos vecinos; por lo tanto, también la cultura islámica estuvo a punto de desaparecer. Tras sus vastas conquistas, los mongoles fueron estableciendo rutas comerciales de un extremo a otro de Asia.

El poder pasa a los otomanos
La dinastía de los ayyubíes fue disuelta en Egipto por los mamelucos, que garantizaron una relativa estabilidad militar a Egipto como centro del mundo islámico durante los escasos 75 años que duró su gobierno. Sin embargo, el descubrimiento de América a fines del siglo XV y la nueva ruta marítima directa entre Portugal y la India supusieron un gran menoscabo para los mamelucos. Entre 1516 y 1517, su Estado cayó en poder de los otomanos, en expansión desde el siglo XIV. Además, a partir de 1550, el islam concluyó su extensión por los países en torno al océano Índico. En 1453 se produjo la toma de Bizancio (Constantinopla) por Mehmet II el Conquistador. Los otomanos pusieron fin a los 1.000 años de historia del Imperio Romano de Oriente.

El dominio otomano
Bajo el gobierno de los otomanos, Asia Menor fue recuperando lentamente su unidad. A comienzos del siglo XVI, los otomanos consiguieron erigirse en gobernantes de toda Mesopotamia, el territorio entre los ríos Tigris y Eúfrates. En 1517, Selim (1512-1520) logró, con sus superiores armas de fuego, poner fin al Estado de los mamelucos. Bajo el gobierno de Selim (1512-1520) y de Solimán (1520-1566), el Imperio Otomano alcanzó la cumbre de su poder. Cuando los otomanos penetraron hasta el Yemen y Argelia, tuvieron en sus manos el gobierno de la práctica totalidad del mundo de habla árabe, y la conquista de Rodas (1522), Chipre (1570) y Creta (1669) puso también bajo su control la navegación en el Mediterráneo. Aunque en 1492 el reino de Granada volvió a pertenecer a la Europa cristiana, el islam ganó nuevos territorios entre las culturas del África negra y también en el sudeste asiático.

El islam de 1502 a 1668.
1502: Dominio de la familia de los safavid en Persia. El chiismo se convierte en religión de Estado.
1529: Los turcos sitian Viena con Solimán el Magnífico.
Desde 1550: Avance del islam en la India e Indonesia.
1571: venecianos y españoles vencen a los turcos en la batalla de Lepanto.
1666: El judío Sabbatai Zwi (1626-1676), que se denominaba así mismo «Mesías», se convierte al islamismo obligado por las autoridades otomanas a elegir entre la ejecución o la conversión. Este paso fue interpretado como tikkun («restablecimiento») del mundo islámico prisionero de las fuerzas del mal.
1668: Segundo sitio de Viena y amenaza turca en Europa central.